Savez je osnovan  8. marta 1931. godine na Cetinju pod nazivom Cetinjski nogometni savez, koji je funkcionisao u okviru Jugoslovenskog fudbalskog saveza. Za prvog predsjednika izabran je profesor cetinjske Gimnazije Nikola Latković.

Nakon Drugog svjetskog rata, 5. avgusta 1945. godine, formiran je Fudbalski odbor u okviru Fiskulturno-sportskog odbora Crne Gore. Godinu dana kasnije organizovano je prvo fudbalsko prvenstvo Crne Gore u kojem su učestvovala četiri kluba - Budućnost, Lovćen, Sutjeska i Arsenal.

Fudbalski odbor prerastao je u Fudbalski savez Crne Gore na Osnivačkoj skupštini koja je održana 6. decembra 1948. godine u tadašnjem Titogradu.

Fudbalski savez Crne Gore funkcionisao je kao dio Fudbalskih saveza SFRJ, SRJ i SCG sve do 28. juna 2006. godine, kada je postao samostalna fudbalska organizacija.

Prijem u članstvo međunarodnih fudbalskih organizacije FSCG je zatražio 30. juna 2006. godine.

Na kongresu koji je održan 27. januara 2007. godine u Dizeldorfu Fudbalski savez Crne Gore postao je 52 članica UEFA, dok je 29. maja iste godine na kongresu u Cirihu naš Savez primljen u punopravno članstvo FIFA.

Fudbalski savez Crne Gore trenutno broji više od 110 klubova, preko 8.500 registrovanih igrača u svim kategorijama i više od 150 sudija.

FSCG organizuje šest stalnih takmičenja u seniorskoj konkurenciji (Telekom 1. CFL, Drugu ligu, Kup Crne Gore, 1. ŽFL, 1. Futsal ligu i Futsal Kup), dva omladinska takmičenja (Omladinsku i Kadetsku ligu) kao i završnice takmičenja za mlađe kategorije (prvenstvo pionira i pjetlića).

U Savezu su, ističu, posebno ponosni što u takmičenjima koje organizije FSCG nastupa 340 fudbalerki i dvije sutkinje, kojima su uputili čestitku povodom 8. marta - Međunarodni praznik žena!