Krajišnik je u pritvoru Haškog tribunala od aprila 2000. godine. Na početak suđenja čekao je više od četiri godine, a mediji su svojevremeno pisali da je na pripremu njegovog suđenja potrošeno više od milion dolara, jer je, između ostalog, došlo i do promjene advokata.

On je prvostepeno bio osuđen za zločine počinjene nad nesrbima tokom rata u Bosni na 27 godina zatvora, a Žalbeno vijeće Haškog tribunala mu je 17. marta 2009. izreklo kaznu od 20 godina.

Prethodno su potvrđeni raniji nalazi o njegovoj krivici za deportacije, prisilno premiještanje i progon nesrpskih civila tokom ratnih sukoba u Bosni i Hercegovini.

Krajišnik je bio jedan od osnivača Srpske demokratske stranke u Bosni i Hercegovini, a poslije prvih višestranačkih izbora u BiH, 19. decembra 1990, izabran je za predsjednika Skupštine BiH.

Ubrzo je izabran za predsjednika Skupštine srpskog naroda u BiH, a početkom 1992, kada je formirana Narodna skupština Republike Srpske, za predsjednika te skupštine i na tom mjestu ostao je do kraja rata u BiH.

Na izborima septembra 1996, kao predstavnik RS bio je izabran za jednog od tri člana Predsjedništva BiH. Dvije godine kasnije na izborima za tu funkciju pobijedio ga je socijalista Živko Radišić.

Kaznu je od 2009. godine izdržavao u zatvoru u Engleskoj odakle je kasnije prebačen u Vels. (RTCG)