Zbog kontuzije glave i povrede četiri rebra nakon pada u porodičnoj kući, Izetbegović je, 10. septembra 2003. godine, smješten u bolnicu. Kao posljedica dugogodišnjeg srčanog oboljenja uzrokovanog ranijim infarktom, a pogoršano serijskim frakturama rebara sa komplikacijama, njegovo je srce prestalo da kuca.
"Mi smo na neki nacin i Istok i Zapad; jer smo muslimani - mi razumijemo dileme islamskog svijeta; jer smo evropski narod - mi razumijemo dileme Zapada", teza je na kojoj je gradio svoje dobre odnose i sa Istokom i sa Zapadom. Deklarativno, nikada nije prestao da se zalaže za cjelovitu i demokratsku Bosnu i Hercegovinu, ali uprkos tome, njegov uticaj nikada se nije proširio izvan bošnjačkog naroda.
Tokom rata početkom devedesetih bio je vrhovni komandant
Armije sa preko 200.000 vojnika, a tek onda i kao predsjednik međunarodno
priznate države.
Za razliku od druga dva potpisnika Dejtonskog sporazuma, predsjednika SRJ i
Hrvatske, Slobodana Miloševića i Franja Tuđmana, Izetbegović se 14. oktobra
2000. povukao iz politike otišavši u penziju i napuštajući mjesto predsjednika
Predsjedništva Bosne i Hercegovine.
Po smrti Alije Izetbegovića zvaničnici Međunarodnog suda potvrdili su da je
protiv njega vođena krivična istraga zbog navodnih ratnih zločina, nakon što su
srpski zvaničnici zatražili podizanje optužnice.
Krivični postupak je obustavljen usljed smrti Alije Izetbegovića.
