Optužnica ga tereti da je od 7. maja do sredine juna 1945. godine u Dugoj Resi, kao šef komisije Odjeljenja zaštite naroda (OZNA) za grad i Kotar Karlovac, naredio hapšenje i likvidaciju 21 civila s područja Duge Rese pod optužbom da su sarđivali s ustaškim vlastima.

Njegov advokat Ante Nobilo izjavio je novinarima da potvrđivanje optužnice znači da će uskoro početi suđenje i ponovio da protiv njegovog klijenta nema nikakvih dokaza. Prema njegovim riječima, Boljkovac želi da sarađuje, jer je borac i želi da kaže istinu. 

Boljkovac je u sud došao u invalidskim kolicima. 

Mjesec dana uoči parlamentarnih izbora krajem 2011, policija je uhapsila Josipa Boljkovca zbog sumnje da je počinio ratni zločin 1945. 

U javnosti se njegovo hapšenje tumačilo kao dio predizborne kampanje Hrvatske demokratske zajednice koja je tada bila ozbiljno pogođena brojnim aferama poput sudskih postupaka protiv njenog nekadašnjeg čelnika i premijera Ive Sanadera. 

Boljkovac je javno podržao tada opozicionu, a danas vladajuću koaliciju lijevog centra na čelu sa Socijaldemokratskom partijom. 

Poslije njegovog hapšenja, policija je potvrdila da se protiv Boljkovca već dugo vodi istraga kao i protiv tadašnjeg člana OZNE Josipa Manolića i partizanskog komandanta Rade Bulata. 

Boljkovac je više puta u medijima odbacio optužbe, navodeći da se istragom protiv njega želi skrenuti pažnja sa važnijih tema u zemlji. 

Optužnica je podignuta sredinom septembra ove godine.